W celu organizowania i koordynowania prac w służbie zdrowia, powołano do życia Papieską Komisję Duszpasterstwa Służby Zdrowia (1985), przekształconą później w Papieską Radę do Spraw Duszpasterstwa Służby Zdrowia (1988). Przygotowała i opublikowała ona szereg dokumentów poruszających problematykę duszpasterstwa służby zdrowia (Karta Pracowników Służby Zdrowia, Formacja kapłańska a duszpasterstwo służby zdrowia, Światowy Dzień Chorego oraz Dolentium hominum.
Decyzją papieża Franciszka od 1 stycznia 2017 r. Papieska Rada ds. Duszpasterstwa Służby Zdrowia została zlikwidowana i włączona do nowej dykasterii ds. Integralnego Rozwoju Człowieka.
Krajowe Duszpasterstwo Służby Zdrowia przez lata wypracowało odpowiednie struktury. Uwarunkowane one były sytuacją społeczno-polityczną.
Przełom roku 1989 spowodował istotne zmiany w funkcjonowaniu duszpasterstwa służby zdrowia w Polsce. Do placówek tej służby powrócili duszpasterze, powstały nowe kaplice w szpitalach i domach pomocy społecznej. Zakony odzyskały prawo prowadzenia swoich szpitali, których wcześniej zostały pozbawione; Kościół, w nawiązaniu do wielowiekowej praktyki, może powoływać własne hospicja oraz domy dla ludzi samotnych i w podeszłym wieku.
Obecnie każda diecezja ma odpowiednich duszpasterzy mianowanych przez swojego biskupa Ordynariusza. Zadaniem duszpasterza diecezjalnego jest koordynacja pracą środowiska medycznego.
Na płaszczyźnie parafialnej, a także w niektórych szpitalach w ramach duszpasterstwa służby zdrowia powstały stowarzyszenia katolickich lekarzy, pielęgniarek i położnych. Są one świadectwem żywotności danego środowiska medycznego.