Podmiotem działania służby zdrowia i jej duszpasterstwa jest człowiek w ogólności, a pacjent i chory w szczególności. Już w Starym Testamencie znajdujemy wzmianki o lekarzach i szacunku dla ich pracy (zob. Mądrość Syracha 38,1-3,11-13). W Ewangeliach, a zwłaszcza u św. Łukasza, Chrystus często łączył posłannictwo lekarza dusz z posługą lekarza ciał. Leczył nie tylko z chorób fizycznych, ale uzdrowieniem obejmował całego człowieka (Łk 5,14-15; 6, 17-18). Głęboko przeniknięte duchem miłości chrześcijańskie instytucje ochrony zdrowia kontynuują misję Jezusa niesienia pomocy słabym i chorym. Chrystus Pan utożsamiając się z każdym cierpiącym i chorym, osiągnięcie zbawienia uzależnił między innymi od stosunku do chorych (Mt 25,34-40). W postawie Jezusa Chrystusa swoje powołanie znaleźli Jego wyznawcy lekarze: św. Łukasz a w późniejszym czasie medycy arabscy męczennicy Kosma i Damian (+ok.303r).
Od czasów patrystycznych teologia chrześcijańska szeroko wykorzystywała medycynę do opisywania rzeczywistości zbawienia dokonanego w Chrystusie.
W chrystologii istnieje nawet ugruntowany tytuł Chrystusa-lekarza dusz ludzkich.
Początków duszpasterstwa służby zdrowia można się doszukiwać w kościelnych bractwach i stowarzyszeniach rzemieślniczych i kupieckich powstających w XIX wieku i rozwijających działalność charytatywną i społeczną. W roku 1934 powstało Zjednoczenie Polskich Lekarzy Katolików, które – jak pisze Cz. Strzeszewski – wykazywało dużą aktywność społeczną.
W 1948 r. w sposób nieformalny duszpasterstwo służby zdrowia zaistniało podczas Pierwszej Ogólnopolskiej Pielgrzymki Lekarzy na Jasnej Górze. Niestety z czasów przedwojennych i wojennych nie zachowały się żadne archiwa świadczące o pracy duszpasterstwa służby zdrowia. Uległy zniszczeniu podczas II wojny światowej.
Rok 1956 był czasem wielkich przemian w Polsce. Uwolniony z miejsca internowania Prymas Polski Stefan Kard. Wyszyński w ramach Wielkiej Nowenny przed 1000-leciem Chrztu Polski zlecił zorganizowanie ogólnopolskiej pielgrzymki lekarzy na Jasną Górę, by tam im powiedzieć, że w nich widzi pierwsze szeregi powołanych niejako z zawodu do obrony życia nienarodzonych. Te pielgrzymki, potem co roku odbywane, stały się impulsem dalszych kroków ku organizowaniu osobnego duszpasterstwa służby zdrowia.
Pierwszym krajowym duszpasterzem został mianowany Ks. dr Kazimierz Majdański Jego zasługą było ustanowienie diecezjalnych duszpasterzy dla pracowników lecznictwa, organizowanie regularnych spotkań szkoleniowo-rekolekcyjnych i dni skupienia.
W 1964 roku Episkopat Polski na wniosek Prymasa Wyszyńskiego powołał na stanowisko krajowego duszpasterza lekarzy ks. prałata dr Jerzego Buxakowskiego.
W dniach 21 i 22 maja 1966 r. na Jasnej Górze w ramach ogólnopolskich obchodów 1000-lecia Chrztu Polski miał miejsce akt oddania w Macierzyńską Niewolę Matce Bożej pracowników służby zdrowia.
Od 1970 r. delegatem – opiekunem z ramienia Episkopatu Polski dla duszpasterstwa pracowników lecznictwa został Ks. biskup Henryk Gulbinowicz. Były to lata nieco łagodniejszej polityki państwa wobec Kościoła, ale narastających również liberalniejszych zagrożeń etycznych. Wymagało to tym intensywniejszego współdziałania duszpasterzy pracowników lecznictwa z Episkopatem i zaleceniami nowych dokumentów Magisterium Kościoła i ich wcielaniem w życie zawodowe świeckich poszczególnych szczebli tego pionu. W 1977 r. w miejsce ks. Jerzego Buxakowskiego funkcję duszpasterza krajowego, objął Ks. prałat dr Zdzisław Król, kanclerz Kurii Metropolitalnej w Warszawie, delegatem zaś Episkopatu został w 1978 r Ks. biskup Adam Dyczkowski. Krajowym Duszpasterzem Służby Zdrowia od 1994 r jest ks. Józef Jachimczak CM, a Opiekunem Duszpasterstwa Służby Zdrowia w Polsce ks. Arcybiskup Władysław Ziółek.
Podczas II Światowego Dnia Chorego 11 lutego 1994 roku na Jasnej Górze powstało Katolickie Stowarzyszenie Lekarzy Polskich, a w maju tego samego roku Katolickie Stowarzyszenie Pielęgniarek i Położnych. W obecności przewodniczącego Papieskiej Rady do spraw Duszpasterstwa Służby Zdrowia Jego Eminencji Ks. kardynała Fiorenzo Angeliniego, Prymasa Polski kard. Józefa Glempa, Nuncjusza Apostolskiego Józefa Kowalczyka, Krajowego Duszpasterza Służby Zdrowia ks. Józefa Jachimczaka CM, lekarzy, pielęgniarek i położnych oraz innych pracowników lecznictwa została zapoczątkowana stała formacja duchowa i intelektualna stowarzyszonych lekarzy.